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植物体内普遍存在着内生菌，由于其生活在没有外在感染症状的健康植物组织内部 ，因此植物内生菌的存在和作用长期以来未被发现 。直到20世纪30年代 ，由于牲畜食了感染内生真菌的牧草 ，给畜牧业造成重大损失 ，才开始对植物内生菌有了初步认识。
内生菌一词“endophyte ”最早是由德国科学家DeBarry于1886年提出 。.....
1986年 ，Carrol将植物内生菌定义为生活在地上部分、活的植物组织内不引起明显症状的微生物 。
1991年 ，Petrini提出植物内生菌是指生活史的一定阶段生活在活体植物组织内不引起植物明显病害的微生物 。
1992年 ，K1eopper等认为植物内生菌是指能够定殖在植物细胞间隙或细胞内 ，并与寄主植物建立和谐联合关系的一类微生物 ，并首次提出了“植物理内生细菌 ”的概念，他认为能在植物体内定殖的致病菌和菌根菌不属于内生菌 。
植物微生物组
所有栖息在植物宿主的微生物 ，
包括共生 、互利共生 、有害病原菌等 ，内生菌：在植物器官内的微生物 。附生菌：栖息在植物表面的微生物 。合成群体：合理的设计并混合代表性的菌株 。
图2. 物种树展示植物微生物组主要的属 。 图中只展示丰度大于0.1%的属，层级关系展示细菌分类学的门、纲 、目 、科 、属 ，同时外圈的热图展示在不同植物各类 、器官中各属的丰度分布 。可以看到 ，不同物种 、器官间存在大部分相同的属，只是丰度水平上的差异。
图3. 环境 、土壤和植物介导的多因素影响宿主的微生物组 。
叶片微生物组影响因素包括温度 、紫外线 、水 、微生物定殖植物的生物地理、食草动物和传粉昆虫等环境因素 。此外 ，植物的影响包括水和营养的释放 、产生次级代谢物 、微生物与植物初始免疫间的作用。植物的基因型也有影响 ，如表皮的组成、厚度等 。根际微生物组主要起源于周围的土壤 ，因此土壤 、生物地理和食草动物是主要的驱动者 。根定殖主要由根际沉积引起根际土中群落的显著变化。最终 ，宿主-基因型-依赖的效应因子 ，植物免疫系统和微生物互作决定植物微生物组最终的群落结构 。
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